Szabó Dezsővel és Balázs Béla testvérével is viszonya volt a legendás magyar írónőnek: 38 év adatott meg neki, fiával együtt hunyt el

1914-ben Bauer Ervin elméleti biológushoz, Balázs Béla testvéréhez ment férjhez Szegeden, akivel 1918-ban bekövetkezett haláláig együtt is maradt. Kölcsönös vonzalmukból azonban csak lassan alakult ki a szerelem, amiben annak is szerepe volt, hogy Bauer 10 évvel volt fiatalabb Kaffkánál, és sokan nem tartották őt az írónőhöz illőnek, Margit azonban végül elfogadta a férfi közeledését, hiszen nem tudott ellenállni az őt ostromló Ervinnek, akivel nagy volt tehát a szerelem, aminek csak a világháború és Kaffka korai halála vethetett véget.