Csupán 52 éves volt a legendás zenész, amikor elhunyt: iszonyú betegség támadta meg a szervezetét, kínjai felemésztették

Gyakran három-négy órásra is elnyúló koncertjei különös élményt jelentettek; a műsor nem egyszer a közönség szidalmazásával kezdődött, műanyag babákkal imitálta a szeretkezést. Olykor a sors is közbeszólt: 1971-es turnéján leégett a banda felszerelésének nagy része, Londonban pedig Zappa szenvedett súlyos sérüléseket, amikor lelökték a színpadról. Pályatársai nagy részétől eltérően sem drogot, sem alkoholt nem fogyasztott és ezt zenekarában sem tűrte: számára a zene volt az egyetlen kábítószer.